Bastian sagt:

Der Umzug ist geschafft, das hier der letzte Eintrag bei WordPress.com. Ab sofort findet ihr uns unter Bierologie.org. Dazu ändert sich dann ebenfalls die RSS-Feed-Adresse, ihr müsst uns also leider nochmal neu abonnieren falls ihr das getan haben solltet.

Sonst ändert sich nix. Man sieht sich dann auf der neuen Seite.

Bastian sagt:

Nach den Feiertagen werden wir irgendwann mit Weissbier und Wissenschaft umziehen auf unseren eigenen Webspace, mit einer normalen WordPress-Installation und passender Domain.

Mittlerweile nerven zumindest nicht die künstlichen Beschränkungen von WordPress.com doch sehr an. Man kann keine Plugins hinzufügen, die Themeauswahl ist beschränkt und dazu kommt dass man in Beiträge nicht jeden Code einbinden kann sondern nur ausgewählten wie YouTube-Videos. Sind Videos bei anderen Hostern hinterlegt schaut man in die Röhre und kann nur verlinken. Dazu kommt die viel zu lange Adresse des Blogs, wer tippt das schon gerne freiwillig ein? Ich zumindest nicht.

Solange man all das nicht will kriegt man natürlich ein super kostenloses Angebot bei WordPress.com, doch jede Kleinigkeit mehr lässt man sich teuer bezahlen. Was ja auch okay ist, doch im Endeffekt lohnt es sich für uns nicht wirklich hier die Features hinzuzubuchen, da können wir gleich umziehen.

Und das haben wir vor. Die WordPress-Exportfeatures habe ich bereits getestet und funktionieren recht tadellos, wenn man davon absieht das WordPress.com für Videos lustigen Pseudocode erstellt der nirgendwo anders ordentlich funktioniert. Aber auch das lässt sich beheben.

Sobald alles funktioniert informieren wir euch natürlich. Und geben dann auch die neue Adresse hier bekannt.

Bastian sagt:

Diesmal ein ganz kurzer Beitrag zum Thema: Auch bei YouTube findet man einige Videos zu Open Access. Hier erklären einige Wissenschaftler was ihrer Meinung nach die Vorteile von OA sind. Übrigens hat Ralph einen schönen Artikel bei Zeit.de über OpenAccess gefunden den man sich ruhig zur Gemüte führen kann.

Bastian sagt:

In Teil 1 gab es eine allgemeine Erklärung wie wissenschaftliches Publizieren funktioniert und in Teil 2 gab es eine Einführung in die Prinzipien von Open Access (OA) und den Unterschied zum traditionellem Verfahren.

In diesem Teil wollte ich mal schauen wie es so aussieht mit der Verbreitung mit OA. Genaue Zahlen habe ich auch hierfür nicht wirklich finden können aber hier gibt es eine Grafik die von ca. 20 % der Artikel ausgeht die unter OA veröffentlicht werden. Das Problem ist jedoch: Für Bibliotheken und Unis lohnt sich OA erst wirklich wenn ALLES frei zugänglich ist.

Die Wikipedia listet auch bereits einige Journals auf die Open Access ermöglichen. Das bekannteste, reine OA-Journal bzw. gleich eine Reihe von Zeitschriften dürfte die “Public Library of Science” (PLoS) sein. Seit 2003 werden Artikel in PLoS Biology als OA veröffentlicht. Mittlerweile ist der Umfang auf 7 Zeitschriften gewachsen, wobei der Themenschwerpunkt ganz klar in den LifeSciences liegt.

Doch neben dieser reinen OA-Lehre gibt es noch die Mischform, wie sie beispielsweise das Journal “Proceedings Of The National Academy Of Sciences” (PNAS) verfolgt. Dort werden die Artikel 6 Monate nach erscheinen der Druckversion unter OA gestellt und so online zugänglich gemacht. Zusätzlich können die Autoren per Bezahlung darüber entscheiden ob ihre Artikel von Anfang an unter OA publiziert werden sollen. Besonders spannend für Autoren: PNAS hat den drittgrößten Impact Factor, wir erinnern uns, unter allen interdisziplinären Zeitschriften.

Wer als Autor wissen möchte ob es sich auf die Anzahl, wie oft die eigenen Ergebnisse zitiert werden, positiv auswirkt wenn man in OA-Journals publiziert kann sich durch Unmengen von Daten und Veröffentlichungen zu dem Thema wühlen.

Und jetzt würde ich gerne mal ein paar mehr Meinungen von “Betroffenen” in den Kommentaren lesen: Was haltet ihr von OA? Publiziert ihr selber in OA-Journals? Wieso/Wieso nicht?

Bastian sagt:

Nachdem im letzten Beitrag erklärt wurde wie das mit dem wissenschaftlichem Veröffentlichen im traditionellem Verlagswesen funktioniert schauen wir doch nun mal was genau Open Access im Unterschied dazu ist.

Nun, der Name verdeutlicht eigentlich schon den Grundgedanken des Prinzips: Der Zugang zu den Veröffentlichungen soll für alle frei sein. Und das unterscheidet sich weitgreifend von dem alten Weg.

Die Verlage haben sich den Zugang sowohl zu den gedruckten Journals als auch zu den Online-Datenbanken mit allen Papern teuer bezahlen lassen und meist ist es eine Frechheit was die dafür verlangen das man sich ein simples PDF-File runterladen kann, Stichwort vergoldete Bits.

Während man noch argumentieren könnte das man für Zeitschriften bezahlen muss weil da neben den Papern auch noch Texte der Redaktion vorhanden sind und das Zeug ja auch gedruckt werden muss fällt das im Online-Bereich völlig weg.
Wer sich da die Paper beschaffen will pfeift auf gedruckte Zeitschriften und den redaktionellen Teil will er auch nicht lesen. Sondern einfach nur seine Informationen bekommen. Und die Verlage wollen daran gut verdienen.

Das sorgt nicht nur dafür das Privatpersonen und Forscher ohne das nötige Kleingeld so gut wie keinen Zugriff auf dieses Wissen sondern auch zu einer ganz anderen, verrückten Situation: Unis bzw. gröber gefasst, der Staat, gibt Geld für Forschung aus, bezahlt dafür das die Ergebnisse veröffentlicht werden (und gibt nebenbei auch noch die meisten Rechte an dem Paper an den Verlag ab) und muss sich nun seine Ergebnisse zurückkaufen.

Was sich total bekloppt anhört ist die Realität. Ich habe leider keine konkreten Zahlen dazu aber Fakt ist: Die Bibliotheken müssen für unzählige Zeitschriften teure Abos abschliessen damit innerhalb der Uni der Online-Zugriff zu den Zeitschriften gestattet wird. Im Prinzip ist so ein erfolgreiches Journal nichts anderes als eine Lizenz zum Gelddrucken für die Verlage.

Doch kommen wir zurück zu Open Access. Denn auch diese Journals arbeiten nicht umsonst und müssen ihre Mitarbeiter genauso bezahlen. Doch woher sollen die das Geld kriegen wenn der Zugang frei sein sollen?

Ganz einfach: Die Autoren bezahlen für die Veröffentlichung. Was bislang bei einigen Zeitschriften zugetroffen hat wird ausgeweitet mit einer angepassten Gebühren so dass die Artikel dann für jedermann zugänglich online stehen können. Was vorher “pay-to-read” war wird nun zu “pay-to-publish”.

Das hat den großen Vorteil das alle Leser nicht mehr für das Lesen einzelner Veröffentlichungen bezahlen müssen. Parallel ist es auch durchaus möglich weiterhin die Print-Journals zu verkaufen über den Mehrwert der redaktionellen Beiträge. Ich z.B. schätze diese Artikel in der nature sehr, mir gefällt der oft sehr trockene Humor einzelner Redakteure.

Open Access kann dank des Internets also ein grandioses System sein um jedem den Zugang zu Wissen zu ermöglichen. Leider ist OA noch weit davon entfernt der Standard in den Wissenschaften zu sein. Viel zu oft treffe ich noch auf Menschen die ernsthaft die Ansicht vertreten: “Mir doch egal ob Leute Schwierigkeiten damit haben Zugriff auf die Veröffentlichung zu bekommen. Hauptsache ich habe veröffentlicht und damit meinen Ruf als Wissenschaftler ein bisschen verbessert.”

Und da sich der wissenschaftliche Ruf hauptsächlich durch Veröffentlichungen und den JIF der Zeitschriften in denen man erschienen ist bemisst kommt man mit dieser Art von Denken auch problemlos weiter.

Wie weit OA mittlerweile verbreitet ist unterscheidet sich dabei stark von Disziplin zu Disziplin. Doch es gibt schon einige Journals die mit Open Access arbeiten, was es da so gibt dann in einem nächsten Eintrag.

Bastian sagt:

Ich wollte euch hier demnächst mal ein paar Dinge darüber schreiben was genau Open Access (OA) ist, was für Vorteile aber auch Nachteile das System hat und so weiter. Doch leider bin ich mir sehr unsicher welchen Wissensstand ich bei euch Lesern voraussetzen kann. Von daher wollte ich in diesem Beitrag mal darauf eingehen wie Wissenschaftler traditionell ihre Ergebnisse veröffentlichen und wie das Verlagswesen im alten Modus funktioniert. Für wen das sein täglich Handwerk ist der darf diesen Eintrag gerne überlesen und sich dann mehr auf den nächsten OA-Beitrag freuen.

Dazu hab ich mal ganz trendy eine kleine Flowchart zusammengebastelt in der man stark vereinfacht sieht wie es vom Vergeben der Forschungsgelder bis zur Veröffentlichung der Ergebnisse kommt.

Schauen wir uns das Ganze mal Schritt für Schritt an. Erstmal dürfen die Wissenschaftler sich um Forschungsgelder bewerben. Wenn die Geldgeber, in Deutschland z.B. die Deutsche Forschungsgemeinschaft, nach Überprüfung der Anträge Geld bewilligen kann es dann erstmal an die eigentliche Forschung gehen. Und irgendwann will man dann natürlich auch seine Ergebnisse präsentieren. Dazu schreibt man dann so ein hübsches Paper wie wir sie hier regelmässig vorstellen und sucht sich eine Zeitschrift in der man dann veröffentlichen will.

Und hier fängt der Ärger dann auch an (manche würden allerdings sagen dass das schreiben schon zum Ärger gehört). Denn die Zeitschrift in der man sich präsentieren will soll weise gewählt sein. Generell sind dabei alle geil darauf ein Journal zu erwischen das einen möglichst großen Journal Impact Factor (JIF) hat, dieser Wert soll angeben wie angesehen die Zeitschrift ist. Gleichzeitig gilt auch: Je höher der JIF desto besser/wichtiger muss ein Ergebnis sein um in so einer Zeitschrift angenommen wird.

Hat man sich dann für sein Journal entschieden sendet man denen sein Manuskript zu und die Redakteure schauen dann erstmal ob der Beitrag überhaupt zur Zeitschrift passt. Entscheiden diese sich dagegen darf man sich ein neues Journal suchen.

Sind die Redakteure jedoch der Ansicht das die Veröffentlichung in ihrer Zeitschrift veröffentlicht werden soll so geht es ins Peer-Review-Verfahren: Die Herausgeber suchen sie sich nun Experten des betroffenen Fachbereiches aus und geben diesen das Manuskript um den fachlichen Inhalt des Papers zu überprüfen. Dies dient unter anderem dazu gefakte Daten etc. zu entlarven, was natürlich nicht immer klappt.

Hat es das Manuskript so weit geschafft dann kann es danach veröffentlicht werden. Von Journal zu Journal unterschiedlich: Ob die Autoren für das Ganze selbst etwas zahlen müssen. Gleiches gilt dann für den Umfang in dem die Rechte an der Veröffentlichung in die Hände des Verlages gehen oder eben bei den Autoren bleiben. Schlechtenstenfalls bezahlt man also dafür all seine Rechte abzugeben, aber was tut man nicht für Reputation?

Und irgendwann geht dann das Journal in Druck in dem das Paper abgedruckt ist, wird an alle Abonnenten versendet und wird gegebenenfalls online veröffentlicht so das Abonnenten Zugriff darauf haben. Darüber hinaus bieten viele Zeitschriften es an einzelne Paper online zu kaufen für den Fall das man kein Abo hat. Zu den größten Kunden für die Abos gehören dabei wohl die Universitäten die Lizenzpakete kaufen um ihre Bibliotheken mit Zugriff auf die Archive der Verlage auszustatten.

Was übrigens viele Studenten auch nicht wissen: Zumindest bei der Uni Münster kann man auch von zuhause den gesamten Online-Katalog der Uni-Bibliothek nutzen wenn man sich einen kleinen, einfachen VPN-Zugang einrichtet. So hat man in Sachen Journals den gleichen Zugriff wie aus den Computerräumen der Uni. Ich bin mir recht sicher dass sowas mittlerweile Standard an jeder Uni sein dürfte. Also schaut mal auf den Seiten eurer Uni nach um euch vielleicht den einen oder anderen Weg zu ersparen.

So weit dann dazu wie traditionell veröffentlicht wird in den Wissenschaften. Nächstes Mal dann über den großen Unterschied zu Open Access.

Bastian sagt:

Die bösen, bösen Ego-Shooter sind ja wieder ein großes Thema. Angeblich machen sie ja aus Jugendlichen gemeingefährliche Amokläufer.
Das die sogenannten “Killerspiele” allerdings auch positive Auswirkungen haben können zeigt eine Studie von Renjie Li und Kollegen die in Nature Neurosciences veröffentlicht wurde: Sie haben herausgefunden dass das Spielen von Ego-Shootern dabei hilft das Kontrastsehen zu stärken.

Doch erstmal zu den Basics: Kontrastsehen ist darüber definiert welche Abstufungen wir zwischen Graustufen noch als getrennte Töne wahrnehmen können. Wichtig ist das z.B. wenn man im Dunkeln im Auto fährt. Bei schlechtem Kontrastvermögen sieht man nur einen gleichfarbigen Graumatsch und könnte so ganz bequem mal den dunkel angezogenen Fussgänger plattfahren. Nicht unbedingt das was man möchte.

Um zu sehen ob und wie stark sich das Kontrastsehen durch Videospielen verbessert wird wurde das Kontrastsehen vor dem Start der Versuche getestet. Danach wurden die Probanden in 2 Gruppen eingeteilt: Die Spieler von 3D-Shootern, hier Call of Duty 2 und Unreal Tournament 2004 oder auch “expert action video game players” und in die “non-action game players” die im Gegenzug Die Sims 2 spielen durften. Innerhalb von 9 Wochen mussten alle Probanden insgesamt 50 Stunden mit ihren Spielen verbringen.

Nach Ablauf der 9 Wochen wurde das Kontrastsehen dann wieder getestet. Mit spannendem Ergebnis: Bei den Probanden die mit Actionspielen trainiert hatten nahm die Sensitivität für Kontrastsehen zu, es konnten also geringere Kontrast erkannt werden. Auf der anderen Seite nahm die Zeit ab die sie brauchten um Kontraste erkennen zu können.

Bei der Sims-Kontrollgruppe nahm das Vermögen Kontraste zu erkennen nur wenig ab während die Zeit die sie brauchten um Kontraste zu erkennen sogar zunahm. Also Politiker und Politeusen: Vielleicht sollte man sich so Generalverbote nochmal überlegen…

Li, R., Polat, U., Makous, W., & Bavelier, D. (2009). Enhancing the contrast sensitivity function through action video game training Nature Neuroscience DOI: 10.1038/nn.2296

Bastian sagt:

Dieses Blog ist noch nie durch eine besondere Heiligenverehrung aufgefallen, aber bald, am 17. März um genau zu sein wird überall auf der Welt – nicht nur in Irland (auch wenn es da der Nationalfeiertag ist) – der St. Patricks Day gefeiert.

Das ist der Tag der den meisten Deutschen aus zwei Gründen bekannt ist: Zum einen sieht man in gefühlt jedem Dritten Hollywood-Film eine St. Paddy‘s-Day Parade in der sich irgendwelche Bösewichte verstecken und zum anderen ist das der Tag an dem so ziemlich alles grün gefärbt wird, so z.B. Schnaps, Hüte oder auch mal eben der Chicago River.

Das ist ja alles schön und gut und auch hierzulande wird der Stout-Konsum kurzfristig wieder ein hoch erreichen. Aber was genau hat der olle Patrick überhaupt zustande gebracht das sich einige Millionen Iren weltweit sturztrunken an diesem Tag in den Armen liegen? Und was hat mit Wissenschaft zu tun?

Der heilige Patrick war ein christlicher Missionar im 4./5. Jahrhundert der dort ganz fleissig alle Menschen überredet hat doch jetzt mal an einen anderen Quatsch zu glauben. Und was kann man besseres machen als dazu ein kleines Wunder aufzuführen: Denn der Legende nach hat Patrick alle Schlangen aus Irland vertrieben. Und tatsächlich: In Irland gibt es keine wilden Schlangen die nicht irgendwann mal von Haustierbesitzern ausgesetzt wurden.

Doch das Ganze bleibt nicht mehr als eine schöne Legende, denn die Gründe sind (wenig überraschend) ganz andere: Zum einen berichtet die Wikipedia davon das es sich bei den Schlangen schlicht um ein Symbol für das damals verbreitete Druidentum handelt was Patrick durchaus aus Irland vertrieben hat – indem er die Menschen zum Christentum konvertieren lies. Aber das beantwortet noch nicht die Frage wieso es dann wirklich keine echten Schlangen auf Irland gibt.

Die Antwort dafür liefert uns die Erdgeschichte und genauer gesagt die letzte Eiszeit: Während der maximalen Ausdehnung des Eises waren die britischen Inseln allgemein von einer Eisschicht überzogen die es den wechselwarmen Reptilien, die Schlangen nunmal sind, unmöglich machten dort zu überleben.

Vor gut 18000 Jahren begann das Eis sich zurückzuziehen und es entstand eine Landbrücke zwischen England und dem was heute das europäische Festland ist. Darüber konnten die Schlangen England und Schottland bevölkern. Allerdings hatte das schmelzen der Eisschicht auch noch andere Konsequenzen: Der Meeresspiegel stieg an. Und so gab es keine Landbrücke mehr zwischen Irland und dem Rest der britischen Inseln. Und da Schlangen nicht gerade zu den schnellsten Tieren gehören haben sie das Zeitfenster von “Warm genug zum rübermachen nach Irland und Landbrücke vorhanden” verpasst. Wer dazu noch mehr wissen will sollte auf dieser (englischsprachigen) Webseite mal nachschauen.

Da hatte der Patrick also wenig zu tun wenn er wirklich versucht haben sollte die echten Schlangen aus Irland zu vertreiben. Aber das soll euch natürlich nicht daran hindern zu feiern und für einen Tag Ire zu sein (immer noch besser als Karneval/Fasching).

Also lasst euch euer Stout und den Whiskey schmecken.

Bastian sagt:

Das Google so ziemlich alle Nutzerdaten und Suchanfragen speichert dürfte für die meisten Leser hier ja nichts neues sein. Was für viele Menschen ein bedrohliches Big Brother-Szenario ist ignorieren andere einfach. Doch das Google damit nicht nur vermeintlich passende Werbung an den Mann bringen kann beweisen sie in einem Paper das letzte Woche in Nature erschienen ist.

Die Rede ist von den Google Flu Trends die das Ausbrechen von Grippe-Wellen beobachten. Die Grippe wird von den Influenzaviren ausgelöst und führt auch in Deutschland noch jährlich zu einigen Todesfällen.

Zur Beobachtung von Ausbrüchen haben sich die Jungs und Mädels zusammengesetzt und sich mal die Daten des US Centers for Disease Control and Prevention (CDC) und der European Influenza Surveillance Scheme (EISS) besorgt. Diese Organisation bekommen ihre Daten zum Teil auch über die Rückmeldungen von Ärzten die Grippe-Fälle weitermelden müssen.

Dann werden die Fälle gesammelt und wöchentlich veröffentlicht. Durch dieses ganze Prozedere entsteht eine Zeitverzögerung von 1-2 Wochen. Und genau hier setzt Google an, denn zu Zeiten von Grippewellen könnte man ja damit rechnen das auch im Web verstärkt nach Schlagworten gesucht wird die mit der Krankheit zusammenhängen. Um entsprechende Schlagworte zu finden hat Google die Suchdaten der letzten 5 Jahre ausgewertet zusammen mit den an die CDC gemeldeten Arztbesuche im Zusammenhang mit Grippe.

Durch diesen Vergleich wurden dann ein Set aus Suchanfragen erstellt das den höchsten Zusammenhang mit den Grippe-Daten der CDC hatte. Durch die Anzahl von Suchanfragen aus diesem Set kann dann wieder zurückgerechnet werden wieviel Prozent der Arztbesuche im Zusammenhang mit Grippe-Erkrankungen erfolgten.

Und so hat man ein Modell was prinzipiell aus der Zusammensetzung der Suchanfragen den Grippe-Status der Bevölkerung ausweisen kann. Und das dies erstaunlich gut funktioniert zeigen die Daten die Google Anfang 2008 errechnet hat: Die Werte stimmen erstaunlich gut mit den Daten der CDC überein. In der Grafik sieht man in Schwarz die von Google vorhergesagten Daten und die von der CDC erstellten Daten.

Das wäre so weit ja schön und gut. Doch nicht wirklich nützlich. Aber wie man ebenfalls aus dem Graphen sieht hat Google einen entscheidenden Vorteil:
Es ist fast 2 Wochen schneller als die CDC weil die Daten der Suchanfragen viel unmittelbarer ausgewertet werden können als wenn der Arzt erst seine Daten an die CDC schicken muss die diese dann wöchentlich veröffentlicht.

Bislang lassen sich die Daten leider nur für die USA abrufen, bleibt abzuwarten ob Google den Dienst irgendwann ausweiten wird.

Jeremy Ginsberg, Matthew H. Mohebbi, Rajan S. Patel, Lynnette Brammer, Mark S. Smolinski, Larry Brilliant (2008). Detecting influenza epidemics using search engine query data Nature, 457 (7232), 1012-1014 DOI: 10.1038/nature07634

Bastian sagt:

Mendeley habe ich hier ja schön öfter mal wohlwollend erwählt weil ich die Idee des last.fm für Wissenschaftler super finde. Denn allgemein denke ich das noch viel zu wenig Wissenschaftler das Netz wirklich effizient nutzen. Sei es um miteinander zu diskutieren, kollaborieren oder auch vernünftig abseits der verbreiteten walled garden zu publizieren.

Das Prinzip von Mendeley wird für alle Neueinsteiger hier nochmal erklärt. Doch es gibt diese Woche zwei Neuerungen von Mendeley die eine Erwähnung wert sind:

1. Mendeley hat Investoren gefunden und kann nun mit einem Kapital von 2 Mio. $ sicherlich etwas beruhigter an die Weiterentwicklung ihres Dienstes gehen. So werden vermutlich auch viele der Features von denen Entwickler schon träumen ihren Weg in den Dienst finden.

2. Es gibt nun eine Kooperation mit dem Dienst CiteULike den vielleicht viele der Leser schon kennen. CiteULike ist ein Online-Dienst der ebenfalls zur Verwaltung der Paper dient. Dank der Kooperation soll man seine Paper zwischen CiteULike und Mendeley synchronisieren können was ein guter Schritt ist um im aufkeimenden Gerangel der Dienste den Überblick über seine Daten behalten zu können.

Wer sich Mendeley noch nicht angeschaut hatte sollte das auf jedenfall tun, die Jungs liefern einen sehr ordentlichen Dienst mit freundlichem Support ab.