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Neue Adresse

Bastian sagt:

Der Umzug ist geschafft, das hier der letzte Eintrag bei WordPress.com. Ab sofort findet ihr uns unter Bierologie.org. Dazu ändert sich dann ebenfalls die RSS-Feed-Adresse, ihr müsst uns also leider nochmal neu abonnieren falls ihr das getan haben solltet.

Sonst ändert sich nix. Man sieht sich dann auf der neuen Seite.

Umzug

Bastian sagt:

Nach den Feiertagen werden wir irgendwann mit Weissbier und Wissenschaft umziehen auf unseren eigenen Webspace, mit einer normalen WordPress-Installation und passender Domain.

Mittlerweile nerven zumindest nicht die künstlichen Beschränkungen von WordPress.com doch sehr an. Man kann keine Plugins hinzufügen, die Themeauswahl ist beschränkt und dazu kommt dass man in Beiträge nicht jeden Code einbinden kann sondern nur ausgewählten wie YouTube-Videos. Sind Videos bei anderen Hostern hinterlegt schaut man in die Röhre und kann nur verlinken. Dazu kommt die viel zu lange Adresse des Blogs, wer tippt das schon gerne freiwillig ein? Ich zumindest nicht.

Solange man all das nicht will kriegt man natürlich ein super kostenloses Angebot bei WordPress.com, doch jede Kleinigkeit mehr lässt man sich teuer bezahlen. Was ja auch okay ist, doch im Endeffekt lohnt es sich für uns nicht wirklich hier die Features hinzuzubuchen, da können wir gleich umziehen.

Und das haben wir vor. Die WordPress-Exportfeatures habe ich bereits getestet und funktionieren recht tadellos, wenn man davon absieht das WordPress.com für Videos lustigen Pseudocode erstellt der nirgendwo anders ordentlich funktioniert. Aber auch das lässt sich beheben.

Sobald alles funktioniert informieren wir euch natürlich. Und geben dann auch die neue Adresse hier bekannt.

Open Access – Teil 4

oaBastian sagt:

Diesmal ein ganz kurzer Beitrag zum Thema: Auch bei YouTube findet man einige Videos zu Open Access. Hier erklären einige Wissenschaftler was ihrer Meinung nach die Vorteile von OA sind. Übrigens hat Ralph einen schönen Artikel bei Zeit.de über OpenAccess gefunden den man sich ruhig zur Gemüte führen kann.

Philipp sagt:

Leider ist mein Rohrreiniger NaOH und nicht HCL😦

ResearchbloggingPhilipp sagt:
Nach Bastis exzellenten Artikeln über Open Access bring ich wieder was über ein Paper.
Veröffentlicht diese Woche in PLoS Biology geht es in „How to Make Evolution-Proof Insecticides for Malaria Control“ eigentlich um viel mehr als den Kampf gegen Malaria; der gleiche Vorschlag gilt für alle Krankheiten, die sich erst im höheren Alter ihres Überträgers übertragen lassen.

Kleine Vorgeschichte: Malaria ist ein Krankheitsbild, das durch den einzelligen Erreger Plasmodium ausgelöst wird. Übertragen wird dieser Erreger durch die Weibchen des Moskitos (Anopheles).

Die meisten Insektenpestizide töten ihre Ziele auf der Stelle. Dies hat auf den ersten Blick natürlich Vorteile für den Menschen, sind doch fast keine Krankmacher mehr zur Stelle. Auf den zweiten Blick offenbart sich jedoch das grundlegende Dilemma solcher Haudraufmethoden: Nur ein überlebender Moskito muss zufällig ein bisschen resistent sein, damit sich eine grundlegende Resistenz in der Population ausbreiten kann. Mit ein wenig Glück bekommt auch er nicht die volle Dosis ab.
Unser Moskito mit ein bisschen Resistenz findet nach dem Pestizideinsatz logischerweise schön viel Platz zum Ausbreiten vor, und hat er ein Weibchen, so haben deren Nachkommen eine überproportional hohe Wahrscheinlichkeit zu überleben, da ihnen kein Artgenosse so schnell das Essen streitig macht.
So haben wir also eine erste Generation (in Fachsprache F1-Generation) mit dem bisschen Resistenz unseres ersten Moskitos. Wird jetzt wieder gesprüht, könnten schon mehr überleben, und das Spielchen geht von vorne los. So werden die Moskitos langsam, aber sicher resistenter gegen das eingesetzte Gift.
Gleiches gilt natürlich überall dort, wo solche Methoden eingesetzt werden, also auch bei der Erregererkämpfung in der Medizin. Man sollte sich also nicht bei jedem Nasenjucken mit Antibiotika zubomben, sonst haben wir bald noch mehr multiresistente Keime.

Die Forscher stellen in ihrem Artikel eine elegante Methode vor, um der Malaria vielleicht Herr zu werden; da sich die Krankheit erst im späteren Leben der Moskitos auf den Menschen übertragen lässt, schlagen sie vor, nur noch Pestizide zu verwenden, die Moskitos im höheren Alter töten. Bis die Malaria-Erreger nach einer Infektion des Moskitos am Stechapparat ankommen, wo sie auf den Menschen übertragen werden, kann der weibliche Moskito ungefähr 2-6 Runden Eier legen, das sind so 10-14 Tage.
So sollte weniger Selektionsdruck auf die Moskitos ausgeübt werden; sie haben ja genug Zeit, sich fortzupflanzen. Gleichzeitig bleiben die Menschen von der Malaria verschont. (So lautet jedenfalls der Plan)

Ich glaube aber nicht das sich Plasmodium solche Methoden auf Dauer „gefallen lässt“; logischerweise hätten Plasmodium-Parasiten einen gewissen Selektionsdruck, schneller beim Stechapparat anzukommen. Die Forscher argumentieren dagegen, dass Plasmodium eine schnellere Generationszeit aber mit einer niedrigeren Infektionsrate bezahlen müsste – was dann wiederum zum Vorteil für den Menschen wäre. Ich bin da allerdings skeptischer.
Die Wege der Evolution sind verschlungen und oftmals schlecht vorhersagbar. Vielleicht muss Plasmodium sich gar nicht schneller beeilen, sondern nur andere Wege beschreiten – wie auch immer diese aussehen mögen. Wie das wiederum Auswirkungen auf den Menschen hat, kann man nicht sagen.

Besser als alles mit dem Holzhammer vollzugasen ist die Methode allerdings auf jeden Fall!

Read, A., Lynch, P., & Thomas, M. (2009). How to Make Evolution-Proof Insecticides for Malaria Control PLoS Biology, 7 (4) DOI: 10.1371/journal.pbio.1000058

Open Access – Teil 3

oaBastian sagt:

In Teil 1 gab es eine allgemeine Erklärung wie wissenschaftliches Publizieren funktioniert und in Teil 2 gab es eine Einführung in die Prinzipien von Open Access (OA) und den Unterschied zum traditionellem Verfahren.

In diesem Teil wollte ich mal schauen wie es so aussieht mit der Verbreitung mit OA. Genaue Zahlen habe ich auch hierfür nicht wirklich finden können aber hier gibt es eine Grafik die von ca. 20 % der Artikel ausgeht die unter OA veröffentlicht werden. Das Problem ist jedoch: Für Bibliotheken und Unis lohnt sich OA erst wirklich wenn ALLES frei zugänglich ist.

Die Wikipedia listet auch bereits einige Journals auf die Open Access ermöglichen. Das bekannteste, reine OA-Journal bzw. gleich eine Reihe von Zeitschriften dürfte die Public Library of Science (PLoS) sein. Seit 2003 werden Artikel in PLoS Biology als OA veröffentlicht. Mittlerweile ist der Umfang auf 7 Zeitschriften gewachsen, wobei der Themenschwerpunkt ganz klar in den LifeSciences liegt.

Doch neben dieser reinen OA-Lehre gibt es noch die Mischform, wie sie beispielsweise das Journal Proceedings Of The National Academy Of Sciences (PNAS) verfolgt. Dort werden die Artikel 6 Monate nach erscheinen der Druckversion unter OA gestellt und so online zugänglich gemacht. Zusätzlich können die Autoren per Bezahlung darüber entscheiden ob ihre Artikel von Anfang an unter OA publiziert werden sollen. Besonders spannend für Autoren: PNAS hat den drittgrößten Impact Factor, wir erinnern uns, unter allen interdisziplinären Zeitschriften.

Wer als Autor wissen möchte ob es sich auf die Anzahl, wie oft die eigenen Ergebnisse zitiert werden, positiv auswirkt wenn man in OA-Journals publiziert kann sich durch Unmengen von Daten und Veröffentlichungen zu dem Thema wühlen.

Und jetzt würde ich gerne mal ein paar mehr Meinungen von “Betroffenen” in den Kommentaren lesen: Was haltet ihr von OA? Publiziert ihr selber in OA-Journals? Wieso/Wieso nicht?

Open Access – Teil 2

oaBastian sagt:

Nachdem im letzten Beitrag erklärt wurde wie das mit dem wissenschaftlichem Veröffentlichen im traditionellem Verlagswesen funktioniert schauen wir doch nun mal was genau Open Access im Unterschied dazu ist.

Nun, der Name verdeutlicht eigentlich schon den Grundgedanken des Prinzips: Der Zugang zu den Veröffentlichungen soll für alle frei sein. Und das unterscheidet sich weitgreifend von dem alten Weg.

Die Verlage haben sich den Zugang sowohl zu den gedruckten Journals als auch zu den Online-Datenbanken mit allen Papern teuer bezahlen lassen und meist ist es eine Frechheit was die dafür verlangen das man sich ein simples PDF-File runterladen kann, Stichwort vergoldete Bits.

Während man noch argumentieren könnte das man für Zeitschriften bezahlen muss weil da neben den Papern auch noch Texte der Redaktion vorhanden sind und das Zeug ja auch gedruckt werden muss fällt das im Online-Bereich völlig weg.
Wer sich da die Paper beschaffen will pfeift auf gedruckte Zeitschriften und den redaktionellen Teil will er auch nicht lesen. Sondern einfach nur seine Informationen bekommen. Und die Verlage wollen daran gut verdienen.

Das sorgt nicht nur dafür das Privatpersonen und Forscher ohne das nötige Kleingeld so gut wie keinen Zugriff auf dieses Wissen sondern auch zu einer ganz anderen, verrückten Situation: Unis bzw. gröber gefasst, der Staat, gibt Geld für Forschung aus, bezahlt dafür das die Ergebnisse veröffentlicht werden (und gibt nebenbei auch noch die meisten Rechte an dem Paper an den Verlag ab) und muss sich nun seine Ergebnisse zurückkaufen.

Was sich total bekloppt anhört ist die Realität. Ich habe leider keine konkreten Zahlen dazu aber Fakt ist: Die Bibliotheken müssen für unzählige Zeitschriften teure Abos abschliessen damit innerhalb der Uni der Online-Zugriff zu den Zeitschriften gestattet wird. Im Prinzip ist so ein erfolgreiches Journal nichts anderes als eine Lizenz zum Gelddrucken für die Verlage.

Doch kommen wir zurück zu Open Access. Denn auch diese Journals arbeiten nicht umsonst und müssen ihre Mitarbeiter genauso bezahlen. Doch woher sollen die das Geld kriegen wenn der Zugang frei sein sollen?

Ganz einfach: Die Autoren bezahlen für die Veröffentlichung. Was bislang bei einigen Zeitschriften zugetroffen hat wird ausgeweitet mit einer angepassten Gebühren so dass die Artikel dann für jedermann zugänglich online stehen können. Was vorher “pay-to-read” war wird nun zu “pay-to-publish”.

oachart

Das hat den großen Vorteil das alle Leser nicht mehr für das Lesen einzelner Veröffentlichungen bezahlen müssen. Parallel ist es auch durchaus möglich weiterhin die Print-Journals zu verkaufen über den Mehrwert der redaktionellen Beiträge. Ich z.B. schätze diese Artikel in der nature sehr, mir gefällt der oft sehr trockene Humor einzelner Redakteure.

Open Access kann dank des Internets also ein grandioses System sein um jedem den Zugang zu Wissen zu ermöglichen. Leider ist OA noch weit davon entfernt der Standard in den Wissenschaften zu sein. Viel zu oft treffe ich noch auf Menschen die ernsthaft die Ansicht vertreten: “Mir doch egal ob Leute Schwierigkeiten damit haben Zugriff auf die Veröffentlichung zu bekommen. Hauptsache ich habe veröffentlicht und damit meinen Ruf als Wissenschaftler ein bisschen verbessert.”

Und da sich der wissenschaftliche Ruf hauptsächlich durch Veröffentlichungen und den JIF der Zeitschriften in denen man erschienen ist bemisst kommt man mit dieser Art von Denken auch problemlos weiter.

Wie weit OA mittlerweile verbreitet ist unterscheidet sich dabei stark von Disziplin zu Disziplin. Doch es gibt schon einige Journals die mit Open Access arbeiten, was es da so gibt dann in einem nächsten Eintrag.