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Posts Tagged ‘mendeley’

Neues zu Mendeley

Bastian sagt:

Mendeley habe ich hier ja schön öfter mal wohlwollend erwählt weil ich die Idee des last.fm für Wissenschaftler super finde. Denn allgemein denke ich das noch viel zu wenig Wissenschaftler das Netz wirklich effizient nutzen. Sei es um miteinander zu diskutieren, kollaborieren oder auch vernünftig abseits der verbreiteten walled garden zu publizieren.

Das Prinzip von Mendeley wird für alle Neueinsteiger hier nochmal erklärt. Doch es gibt diese Woche zwei Neuerungen von Mendeley die eine Erwähnung wert sind:

1. Mendeley hat Investoren gefunden und kann nun mit einem Kapital von 2 Mio. $ sicherlich etwas beruhigter an die Weiterentwicklung ihres Dienstes gehen. So werden vermutlich auch viele der Features von denen Entwickler schon träumen ihren Weg in den Dienst finden.

2. Es gibt nun eine Kooperation mit dem Dienst CiteULike den vielleicht viele der Leser schon kennen. CiteULike ist ein Online-Dienst der ebenfalls zur Verwaltung der Paper dient. Dank der Kooperation soll man seine Paper zwischen CiteULike und Mendeley synchronisieren können was ein guter Schritt ist um im aufkeimenden Gerangel der Dienste den Überblick über seine Daten behalten zu können.

Wer sich Mendeley noch nicht angeschaut hatte sollte das auf jedenfall tun, die Jungs liefern einen sehr ordentlichen Dienst mit freundlichem Support ab.

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ResearchbloggingPhilipp sagt:
Darum gehts in diesem Review aus PLoS Computational Biology.
Die Autoren diskutieren über den momentanen Zustand der Online-Wissensverwaltung und wie man diesen ändern könnte. Sie kritisieren, dass digitale Bibliotheken im „eingefrorenen“ Zustand verharren, also nur lesbare Informationen, ohne Möglichkeit für den Benutzer, Infos hinzuzufügen oder zu ändern; desweiteren stellen sie diverse Werkzeuge vor, um Informationen und Veröffentlichungen persönlicher zu gestalten sowie handlicher zu organisieren.
Zu Beginn werden die momentanen digitalen Bibliotheken wie PubMed usw. mit ihren Vor- und Nachteilen vorgestellt. Danach werden Werkzeuge vorgestellt, mit dem sich „menschlicher“ gestalten lassen – wie z.B. Mendeley, über dass Basti hier ja schon geschrieben hatte. Zusätzlich werden noch weitere Systeme vorgestellt, wie CiteULike.org, das man am ehesten mit Seiten wie delicious.com vergleichen könnte, da es sich dabei um ein System handelt, in dem Nutzer interessante oder sonstwie relevante Veröffentlichungen abspeichern sowie miteinander verbinden können.

Diese und andere Werkzeuge bezeichnen die Autoren als „a promising start“, bevor sie die grundlegenden momentanen Probleme solcher Programme nennen. In ihren Augen liegen die Probleme vor allem auf menschlicher Seite; z.B. gibt es leicht Probleme beim Auseinanderhalten zweier Autoren mit gleichem Namen – so findet man bei PubMed, welches Autoren mit Nachname + erster Buchstabe des Vornamens abspeichert, allein 2008 genau 181 Artikel von „Wu, R.“.
Desweiteren gibt es natürlich Probleme beim Vertrauen der Nutzer zu den Anbietern: Kommerziell basierte Dienste wie z.B. Connotea.org (gehört zur Nature Gruppe) wollen natürlich durch ihre Dienste einen Profit generieren, fehlt dieser, so werden die Dienste schnell wieder eingestellt – die Mühe, die sich die Nutzer bis dahin gemacht haben, wäre dann verloren.

Der ganze Artikel ist auch wunderschön geschrieben – wer kann einer Veröffentlichung mit so herrlichen Sätzen wie „Rumors of the death of printed books and the death of the journal have (so far) been greatly exaggerated“ schon widersprechen? Oder der hier: „It has been frequently been observed that scientists lag behind other communities in their use of the Web to communicate research, and that this is ironic given that the Web was invented in a scientific laboratory for use primarily by scientists“ – und das sind beides nur Zitate aus dem abschließenden Absatz!

(Natürlich ist das Wissenschaftsweißbier und andere Wissenschaftsblogs ein Gegenbeispiel für den letzten Satz – eine Institution, die noch wenig Aufmerksamkeit vonseiten der Wissenschaftsgemeinschaft oder der Öffentlichkeit erfährt; was sich aber hoffentlich in den nächsten Jahren ändern wird!)

Duncan Hull, Steve R. Pettifer, Douglas B. Kell (2008). Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web PLoS Computational Biology, 4 (10) DOI: 10.1371/journal.pcbi.1000204

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Bastian sagt: Für alle die Mendeley ausprobieren hab ich noch ein kleines Angebot. Philipp & Ich haben schonmal eine Weissbier & Wissenschaft-Gruppe aufgemacht in der wir die Paper sammeln die wir hier so besprechen.

Falls ihr als Leser auch in die Gruppe wollt dann meldet euch einfach entweder per E-Mail oder Kommentar hier oder noch viel einfacher in dem ihr mich als Kontakt bei Mendeley hinzufügt, dann lade ich euch mit in die Gruppe ein.

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Bastian sagt:
Wer viele wissenschaftliche Veröffentlichungen liest und das auch noch aus verschiedensten Quellen bekommt irgendwann ein Problem: Wie behalte ich bei der Menge noch die Übersicht wo ich über was gelesen habe? Selbst bei dem altmodischen Ansatz jedes in gedruckter Form bereitzuhalten (Kostet nicht nur unnötig Geld, sondern: Save The Trees!) stellt sich die Frage: Sortiere ich nach Erstautor, Themengebiet, Erscheinungsdatum oder noch ganz anders?

Glücklicherweise gibt es nun ja jede Veröffentlichung als PDF, ein Format das ich früher wie die Pest gehasst habe, mit dem ich mich mittlerweile aber anfreunden konnte, zumindest für sowas. Handbücher will ich immer noch gedruckt haben, verdammt! PDFs machen das sortieren immerhin etwas einfacher, können sie bequem in Unterordnern etc. abgelegt werden. Doch die Frage der Sortierung bleibt. Ordne ich chronologisch muss ich immer im Kopf behalten wann das Paper erschienen ist, sortiere ich nach Erstautor muss ich wissen wer zu dem Thema geschrieben hat. Und nach Themen zu sortieren ist sehr unscharf. Alles nicht so das ideale Prinzip.

Zum Glück gibt es mittlerweile gibt es auch einige Programme die einem die Arbeit erleichtern sollen. Ich selbst probiere, seitdem Philipp es mir gestern gezeigt hat, Mendeley, was zur Zeit in der Betaversion 0.5 für Mac, Windows und Linux zu haben ist. Unter Linux läuft es bei mir (Ubuntu 8.04) noch etwas instabil von Zeit zu Zeit, aber ich denke für eine Betaversion ist das schon okay. Die Windowsversion habe ich noch nicht getestet.

Aber erstmal ein wenig zur Funktion: Paper im PDF-Format lassen sich ganz einfach in die Datenbank von Mendeley importieren. Im Idealfall kann das Programm aus den Metadaten sofort den Titel, die Autoren, sowie das Journal und die zitierten Publikationen extrahieren und bereitstellen. Dazu kann ich jedem Paper selbst noch Tags vergeben so wie mir Notizen abspeichern. Dieser Basisumfang der Software erleichtert das Suchen von größeren Datensätzen doch schon sehr, lässt sich doch bequem nach (allen) Autoren, Journal und vor allem Tags und die ganzen Paper im Volltext durchsuchen.

Doch Mendeley kann noch etwas mehr, was es für mich sehr interessant macht: Es soll so etwas wie das last.fm für wissenschaftliche Publikationen werden. So kann man seine Paper nicht nur lokal speichern, sondern auch eine Online-Bibliothek anlegen wo die Paper hinterlegt werden und mit der lokalen Bibliothek synchronisiert werden, so hat man von überall Zugriff darauf.

Gleichzeitig gibt es bereits rudimentäre Communityfeatures, so gibt es „Andere Biologen (oder welche Fachrichtung ihr auch immer angebt) lesen folgende Paper“, die allgemein meistgelesenen Paper und natürlich auch die obligatorische Freunde-Funktion. Zusammen mit der angebotenen Group-Funktion ist das sehr praktisch.
Man kann mit seinen Freunden eine Gruppe eröffnen in der man gezielt Paper für diese bereitstellen kann. Ein kleiner Wink mit dem Zaunpfahl: Auch für Multi-Autoren-Blogs ist das eine super Sache, bequemer als alle Paper immer per Mail rumzusenden.

Allerdings habe ich auch noch ein paar Punkte die man sicherlich verbessern könnte, abgesehen von der Stabilität, vor allem an der Import-Funktion hapert es meiner Ansicht nach noch etwas.
Als erstes finde ich es schade, dass man die Paper nicht auch einfach per DOI (Digital Object Identifier) importieren kann. Ich bin mir nicht sicher ob dies technisch überhaupt machbar ist, aber falls das geht wäre das ein absolutes Killer-Feature, denn zumindest ich habe nicht alle Paper die ich gelesen habe noch irgendwo als PDF rumfliegen, per DOI wäre das sehr bequem diese zu importieren.

Und zum zweiten werden die PDFs beim importieren nur verlinkt und nicht zentral irgendwo gespeichert, was auch nervig sein kann. Hat man das Paper etwa nach dem Download auf dem Desktop liegen und importiert es, dann verlinkt Mendeley nur auf den Desktop. Lösche ich es danach, oder verschiebe es auch nur, findet Mendeley es nicht mehr. Das hat einerseits den Vorteil, dass ich die vollkommen freie Auswahl darüber habe wo meine Daten gespeichert werden, bringt allerdings auch den Nachteil mit sich, dass ich die Paper per Hand in die Ordner verschieben muss die ich will.

Eine Import-Funktion ähnlich von Adobe Lightroom fände ich hier super. Man wählt aus wohin die Paper verschoben oder kopiert werden sollen (je nach Geschmack) und dann erledigt das Programm den Rest für einen. Man hat den Vorteil genauso frei entscheiden zu können – wenn man das denn will – und brauch trotzdem nicht per Hand sortieren.

Trotz dieser Kinderkrankheiten und Verbesserungsvorschläge bin ich bislang ganz zufrieden damit, wer noch nichts in der Art sucht aber neugierig geworden ist sollte es ruhig mal ausprobieren, denn gerade die Communityfeatures werden erst ab einer kritischen Masse richtig sinnvoll werden.

Aber zurück zur Ausgangsfrage aus der Überschrift: Wie verwaltet ihr eure Paper, per Hand oder per Software? Als PDF oder noch gedruckt?

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